Die Reformierten rühmen sich ihres Kirchenaufbaus von unten, mit starker Gemeindeautonomie und eigenständigen Kantonalkirchen. Aufgrund der Schweizer Geschichte regelt jeder Kanton das Verhältnis zu seinen Kirchen selbst; ein Kirchenrecht auf Bundesebene gibt es nicht.
Die 26 Mitgliedkirchen (25 kantonale reformierte Kirchen und die Methodisten) mögen ihrem Kirchenbund, dem SEK, nicht ähnlich Kompetenzen abgeben, wie die Kantone dem Bund es in den letzten Jahrzehnten taten, tun mussten, um die Eidgenossenschaft handlungsfähig zu halten.
Das Ringen um die gemeinsame Gestalt konzentriert sich seit Jahren in den Debatten um die Revision der Verfassung des SEK von 1950. Sie wird als nicht mehr zeitgemäss empfunden. Kompliziert ist die Sache schon deswegen, weil man lange Stolz über den kirchlichen Pluralismus markiert hat, der oft genug als blosse Beliebigkeit wahrgenommen wird und den Mitgliederrückgang nicht aufhält. Man entschloss sich zu einer Gesamtrevision, in der Erwartung, die Kraft der Kirchen zu bündeln.
Im Jahre 2010 legte der Rat des Kirchenbundes einen Bericht vor, in dem er drei Szenarien skizzierte: punktuelle Anpassungen, umfassender Kirchenbund, Schaffung einer Evangelischen Kirche Schweiz. Im gleichen Jahr wurde Gottfried Locher, der forderte, vertieft über das gemeinsame Kirche-Sein nachzudenken, zum Ratspräsidenten gewählt.
Im Frühjahr 2013 präsentierte der Rat einen Entwurf, der stark von bisher diskutierten Vorstellungen abwich. Denn die vorgeschlagene Evangelische Kirche in der Schweiz (EKS) sollte zusätzlich zur vereinsrechtlichen Struktur eine kirchenrechtliche erhalten: Mit Synode, Rat und einem Präsidenten mit geistlichen Aufgaben sollte sie in der Gesellschaft das Evangelium profilierter zum Tragen bringen.
In der Vernehmlassung stiessen wesentliche Punkte des Entwurfs bei den grossen Kantonalkirchen auf Ablehnung, namentlich weil die kantonalen Kirchensynoden Kompetenzen übertragen müssten.
Kantonalkirchen gegen Verfassungsentwurf (Herbst 2013)
Kirchenbund will Evangelische Kirche in der Schweiz werden (Frühjahr 2013)